Google, yapay zeka alanındaki çığır açan çalışmalarına bir yenisini ekliyor. Şirketin araştırma ekibi, RNA ve DNA'nın karmaşık yapılarını modellemek ve analiz etmek için yeni bir yapay zeka çerçevesi geliştirdiğini duyurdu. Bu gelişme, biyolojik bilimler ve tıp alanlarında devrim niteliğindeki keşiflere zemin hazırlayabilir.
RNA ve DNA gibi biyolojik moleküller, yaşamın temel yapı taşlarıdır. Bunların anlaşılması, genetik hastalıkların ve biyolojik süreçlerin anlaşılmasında kritik öneme sahiptir. Bu mekanizmaların anlamlandırılması birçok hastalığın çözülmesini, kalıtsal problemlerin ortadan kaldırılmasını ve işlevsel sonuçlara dönüştürülmesini sağlayacaktır. Ancak bu moleküllerin karmaşık yapısı, geleneksel bilimsel yöntemlerle henüz tam olarak çözülememiştir.
Google'ın yeni yapay zeka çerçevesi, bu sorunu çözmek için güçlü bir araç olabilir. Yapay zeka, büyük veri kümelerini analiz edebilir, yapılar üzerinde güçlü tahminlerde bulunabilir ve bu moleküllerin yapılarını daha hızlı ve etkili bir şekilde çözebilir. Böylece, bilim insanları, genetik bilginin derinlemesine anlaşılmasını sağlayarak daha iyi tedaviler ve terapiler geliştirebilirler.
Google'ın bu çalışması, yapay zekanın biyoloji ve tıp alanlarındaki potansiyelini daha da ortaya koyuyor. Gelecekte, bu teknolojiyi kullanarak hastalıkların daha iyi anlaşılması ve tedavi edilmesi, insan yaşamını önemli ölçüde iyileştirebilir.
Ancak, bu gelişmelerin etik ve güvenlik açısından dikkatlice ele alınması gerekecektir. Hassas biyolojik verilerin kullanımı, gizlilik ve güvenlik endişelerini beraberinde getirebilir. Dolayısıyla, ilerlemenin sağlanması için etik standartların ve düzenlemelerin belirlenmesi önemlidir.
AlphaFold 3; DNA, RNA, Ligandlar, Proteinler ve Daha Fazla Yapı Hakkında Güçlü Tahminler Yapıyor
Google DeepMind ve Isomorphic Labs iş birliği ile geliştirilen yapay zeka modeli AlphaFold 3 tanıtıldı. Tanıtımı yapılan AlphaFold 3, 2020 yılında protein yapılarını tahmin etme üzerine geliştirilen AlphaFold 2 üzerine inşa edilerek hayata geçirilmiştir. Milyonlarca araştırmacının AlphaFold 2 üzerinden sıtma aşıları, kanser tedavileri ve enzim tasarımı gibi alanlarda çalışmalar yaptığını belirten Google AlphaFold 3’ün biyolojinin temellerine ve ilaç üretimine bakış açımızı değiştireceğini belirtiyor. AlphaFold 2, 20.000’den fazla atıf almıştır ve pek çok ödüle imza atan AlphaFold 2 2023 yılında Yaşam Bilimlerinde Çığır Açan Ödül adında ödüle layık görülmüştür.
AlphaFold 3 bizleri biyoloji dünyasının da ötesine götürerek birçok alanda bizlere fayda sağlayabilir. Tarımda daha dayanıklı mahsuller, biyolojik yenilenebilir materyaller, ilaç tasarımı ve genomik araştırmaların hızlandırılması üzerinde çığır açabilecek olan AlphaFold 3, AlphaFold Sunucusu ile birlikte çoğu özelliği ücretsiz olarak bilim adamlarının kullanımına sunuldu.
Yapı modeli oluşturabilmek için AlphaFold 3 Sunucusu'na giriş yaptığımızda tasarımı bizi yormayan ve kullanımı kolay bir yapay zeka karşılıyor. Model oluşturabilmek için bizlere molekül türü, kopya sayısı ve molekül dizisi tercihleri karşılıyor. Bu verileri oluşturduktan sonra sonuçları gönderiyoruz ve oluşturduğu sonuçları alt kutucukta bizlere sunan yapay zeka indirme, sonuçları göster ve silme seçeneklerini sunuyor. Sizler için AlphaFold 3 üzerinden Protein-DNA-İyon: PDB 7RCE modelini açık tercihler üzerinden oluşturduk. Oluşturduğu sonuçların doğruluk oranlarını renk skalası ile göstermektedir.
AlphaFold 3 üzerinden Protein-DNA-İyon: PDB 7RCE adlı oluşturulan yapı modeli
0,5'in üzerindeki bir pTM puanı, kompleksin genel olarak tahmin edilen katının gerçek yapıya benzer olabileceği anlamına gelir. ipTM, kompleks içindeki alt birimlerin tahmin edilen göreceli konumlarının doğruluğunu ölçer. 0,8'den yüksek değerler, yüksek kalitede güvenilir tahminleri temsil ederken, 0,6'nın altındaki değerler muhtemelen başarısız bir tahmine işaret eder. 0,6 ile 0,8 arasındaki ipTM değerleri, tahminlerin doğru ya da yanlış olabileceği gri bir bölgedir. TM puanı, küçük yapılar veya kısa zincirler için çok katıdır; bu nedenle pTM, 20'den az token söz konusu olduğunda 0,05'ten düşük değerler atar; bu durumlarda PAE veya pLDDT tahmin kalitesinin daha göstergesi olabilir.
Her geçen gün yenilerinin eklendiği çalışmalar hızla devam ediyor. Google tarafından geliştirilen ve kullanıma sunulan AlphaFold 3 adlı yapay zeka insanlık için büyük bir adım olabilir. Bilim ile teknolojinin eşsiz birleşmesine baktığımız zaman ileride yaşanacak refahı tahmin etmek zor olmasa gerek. Bizleri yapı modellemesi tahminleri ile karşılayan AlphaFold 3 yaşanacak mutasyonları da tahmin ederek meydana gelebilecek hastalıkları ön görebiliyor. Bilim insanları için büyük iş yükünü ortadan kaldıran AlphaFold 3 laboratuvarda yapılan uzun iş akışlarını kısaltıyor ve bilinmeyenlerin önüne geçiyor. Genomik materyallerde yapılan yapı tahminleri ve oluşabilecek mutasyon tahminleri tedavisi şuanda mümkün olmayan hastalıklara umut vaat ediyor.
Kaynak:
AlphaFold 3 predicts the structure and interactions of all of life’s molecules - Google Blog - Bağlantı